Las habilidades se obtienen mediante la inversión de puntos de habilidad en los diferentes árboles de habilidades (5 en total). Estos contienen una variedad de habilidades activas (Artes de combate y Técnicas de ninjutsu) y pasivas (Artes marciales de shinobi y Habilidades pasivas), algunas de las cuales cuestan una determinada cantidad de emblemas espirituales para ser usadas.
Artes de combate y Habilidades pasivas sin árbol[]
Hay algunas Artes de combate y Habilidades pasivas que no pertenecen a un árbol de habilidad y que se adquieren como recompensa por derrotar a ciertos jefes o por progresar en la trama del juego:
Artes de shinobi[]
Una variedad de habilidades empleadas por los shinobi, como los contraataques, los ataques aéreos y las técnicas de ocultación.
Artes de prótesis[]
Habilidades enfocadas en utilizar las herramientas adjuntas a la prótesis de shinobi, así como los ataques de seguimiento cuando se usan esas herramientas.
Artes de Ashina[]
Habilidades ofensivas basadas en el estilo Ashina, que se centran en infligir y gestionar el daño de postura.
- Ichimonji
- Carpa ascendente
- Carpa descendente
- Aliento de la naturaleza: luz
- Agua corriente
- Ichimonji: doble
- Tajo Ashina
Artes del templo[]
Habilidades que se centran en las artes marciales, como patadas y ataques de puño.
- Golpes de rezo
- Virtud
- Golpes de rezo: exorcismo
- Virtud incuestionable
- Patadas Senpo
- Devoción
- Monje alto
Artes de Mushin[]
Habilidades basadas en el legendario estilo compuesto Ashina Mushin, recopiladas por un joven Isshin Ashina.
- Monje alto
- Acelerón sombrío
- Tajo Ashina
- Fuerza viva
- Caída sombría
- Pasaje de remolino de nubes
- Desenfundado mortal potente
Técnicas de ninjutsu[]
Existen tres Técnicas de ninjutsu las cuales se obtienen al derrotar a ciertos jefes. Se puede equipar una sola técnica de ninjutsu a la vez y para usarlas se requiere una determinada cantidad de emblemas espirituales.